Auteur : Clément Van Hoeck
Le projet Agrobat a vu le jour en 2023, et porte sur l’action 10 de prise en compte des Chiroptères dans le milieu agricole du Plan Régional d’Actions Chiroptères Hauts-de-France (2019-2025). Il est mené en partenariat entre le laboratoire EDYSAN de l’Université de Picardie Jules Verne et Picardie Nature.
Ce projet vise à étudier les services écosystémiques de régulation des populations de ravageurs offerts par les communautés de Chiroptères anthropophiles en contexte agricole, et à évaluer l’intensité de ce service dans l’espace et le temps.
Cet article se base sur une étude préliminaire réalisée dans le cadre du projet Agrobat. Ce travail, mené dans le cadre d'un mémoire de Master, avait pour objectif de mieux comprendre le régime alimentaire de plusieurs espèces de chauves-souris présentes dans les paysages agricoles (Van Hoeck, 2026).
Dans ce contexte, il est pertinent de s’intéresser aux milieux agricoles, qui sont des écosystèmes profondément modifiés par l’homme. Ces milieux subissent une intensification et une expansion importantes, entraînant une fragmentation des milieux naturels et conduisant au déclin de nombreuses espèces de vertébrés et d’invertébrés, notamment à cause de l’usage accru des pesticides. Les chauves-souris, en tant que prédateurs nocturnes d’insectes, peuvent alors jouer un rôle important dans ces paysages modifiés en consommant des insectes ravageurs tels que la pyrale du buis et l’Eudémis de la vigne (Carré 2018 ; Charbonnier et al. 2020). Elles peuvent également consommer des insectes nuisibles pour l’Homme et le bétail (voir section « Présence d’insectes ravageurs et nuisibles »). Pour comprendre leur rôle, il est important d’étudier le régime alimentaire de différentes espèces de Chiroptères affiliées aux milieux agricoles pour la chasse. En effet, ces mammifères volants ont opté pour différentes stratégies de chasse au cours de leur évolution et sont répartis en différentes guildes (long-range echolocators (LRE) = chasse à courte portée, mid-range echolocators (MRE) = chasse à moyenne portée et short-range echolocators (SRE) = chasse à longue portée). Ainsi, la composition du régime alimentaire sera très probablement assez diversifiée selon les différentes guildes d’espèces.
Pour étudier la composition précise de leur régime alimentaire, la technique de métabarcoding a été utilisée sur des échantillons de guano provenant de dix gîtes de maternité, répartis dans les départements de l’Aisne et de la Somme et récoltés par l’association « Picardie Nature ». Les échantillons collectés sont ensuite stockés dans l’alcool (96°) puis congelés (-20°c) jusqu’à leur extraction au laboratoire d’ADN dégradé d’EDYSAN (UPJV), selon la procédure définie par D. Zarzoso-Lacoste et al. 2018. Cette approche se base sur l’amplification et le séquençage de l’ADN. Les sessions d’échantillonnage se sont déroulées durant la période d’élevage des jeunes chauves-souris, au mois d’août 2023. Un ensemble d’analyses a été effectué pour caractériser le régime alimentaire des quatre espèces de Chiroptères : la Pipistrelle commune, le Petit rhinolophe, le Murin à moustaches et la Sérotine commune. Des analyses paysagères ont également été effectuées afin de pouvoir mesurer et comprendre l’impact des différents éléments du paysage, tels que les surfaces boisées, les haies, les parcelles agricoles, etc.
Cette approche permettra de comparer la composition du régime alimentaire (ex : proies ravageuses vs auxiliaires de cultures) de différentes espèces de Chiroptères, et d’étudier leurs variations en fonction du sexe des individus, de la période de collecte (avant ou après mise bas), mais aussi de la composition et configuration du paysage autour des gîtes où auront été récolté du guano.
Ce projet permettra d’améliorer les connaissances sur l’utilisation des paysages agricoles par les Chiroptères (en termes d’habitat et de ressource trophique), mais également de mettre en lumière les éléments paysagers qui favoriserons de façon durable les services rendus à l’agriculture.
Malgré un protocole d’échantillonnage complet, il n’a pas toujours été possible d’obtenir un nombre suffisant d’échantillons pour chaque espèce de chauves-souris. C’est pourquoi les résultats sont à interpréter avec précaution, principalement ceux de la Sérotine commune qui ne comptent que deux échantillons de guano.
Pour le Murin à moustaches, le Petit rhinolophe et la Pipistrelle commune, une dominance des diptères et lépidoptères est observée dans leur régime alimentaire (Figure 1). La Sérotine commune quant à elle, semble principalement consommer des coléoptères, une préférence confirmée dans la littérature, même si elle est moins élevée que dans nos résultats.
Figure 1. Proportion de proies basée sur le Nombre Minimum d’Individus (NMI) grâce aux ASVs du métabarcoding. Les pourcentages des blocs avec plus de 5%, sont indiqués directement sur le graphique. Les zones hachurées correspondent à la proportion d’insectes ravageurs pour chaque ordre et le total de pourcentage est repris sous les graphiques pour chaque espèce de chauve-souris.
La consommation de ravageurs chez les trois premières espèces, monte jusqu’à presque 25% chez le Petit rhinolophe et la Pipistrelle commune.
Le réseau bipartite (Figure 2), permet de représenter également la composition du régime alimentaire, mais à l’échelle des familles d’insectes. Le Petit rhinolophe présente le régime alimentaire le plus diversifié, avec 59 familles différentes consommées. Son régime couvre l’ensemble des ordres identifiés, avec une dominance marquée des lépidoptères (notamment Tortricidae) et des diptères (Psychodidae, Limoniidae, Tipulidae).
Le Murin à moustaches consomme au total 41 familles d’insectes, recouvrant les principaux ordres tels que les diptères et lépidoptères. Plusieurs familles d’Arachnides sont également détectées, notamment les Araneidae, Anyphaenidae, Clubionidae, Linyphiidae, Phalangiidae, Tetragnathidae et Theridiidae. Une spécialisation partielle dans la consommation d’Arachnides à également été observée à l’aide d’un test statistique.
La Pipistrelle commune présente un régime alimentaire plus restreint (24 familles de proies). Les familles détectées appartiennent principalement aux diptères et aux lépidoptères, comme chez les autres espèces.
La Sérotine commune présente le réseau le plus réduit avec seulement quatre familles consommées pour deux échantillons analysés. Les familles détectées appartiennent principalement aux Coléoptères, notamment les Carabidae et les Scarabaeidae.
Figure 2. Graphique bipartite démontrant le régime alimentaire en termes de familles de proies pour chaque espèce de chauve-souris. L’épaisseur des lignes démontre l’abondance relative des proies dans leur régime alimentaire et la marge des liens est proportionnelle au NMI. Les familles sont classées par ordre taxonomique. Dans l’ordre : les Araneae et Opilions, les Coléoptères, les Diptères, les éphéméroptères, les hémiptères, les Hyménoptères, les Lépidoptères, les Neuroptères, les Psocoptères et les Trichoptères.
Les insectes ravageurs et nuisibles sont surtout concentrés dans les ordres des lépidoptères et des diptères. Les papillons font partie des ordres les mieux étudiés, car la plupart des espèces peuvent être ravageuses de culture ou dans les forêts au stade larvaire phytophage. L’une des familles de lépidoptères les plus consommées par les chauves-souris dans notre étude, est celle des tortricidae. Les individus de cette famille, souvent appelés tordeuses de feuilles, sont souvent considérés comme des insectes ravageurs de cultures, de forêts et de plantes ornementales comme par exemple la Tordeuse verte du chêne (Tortrix viridana) qui a été détectée. La célèbre Drosophile à ailes tachetées (Drosophila suzukii) ainsi que la Punaise à pattes rousses (Pentatoma rufipes), qui sont principalement ravageuses dans les vergers, sont également présentes dans le régime alimentaire des chauves-souris.
Certaines espèces d’insectes d’intérêt sanitaire et vétérinaire ont également été retrouvées. Il s’agit de deux espèces de moustiques (Culex pipiens et Culiseta morsitans) qui peuvent transmettre des virus et des pathogènes à l’Homme ou au bétail (virus du Nil occidental, virus Usutu, virus de l’encéphalite équine de l’Est, etc.). Le Taon des pluies (Haematopota pluvialis), est une espèce vectrice de pathogène, mais dont les morsures peuvent s’avérer très dérangeantes pour l’Homme et le bétail (jusqu’à une diminution de la production laitière dans les cas les plus graves).
Les analyses paysagères avaient pour but d’étudier l’impact de certaines variables paysagères sur la diversité du régime alimentaire (via l’indice de Shannon et la richesse spécifique principalement). Il faut cependant interpréter les résultats avec prudence étant donné le faible nombre de gîtes (dix gîtes, parfois très proches en termes de distance et de composition paysagère).
Les étendues d’eau présentaient globalement un effet positif sur la diversité du régime alimentaire. Un certain nombre de diptères inféodés aux milieux aquatiques (comme les Chironomidae par exemple) ont effectivement été observés. Les zones humides et les milieux aquatiques sont souvent associés à une forte disponibilité en insectes, même si cet effet dépend fortement du contexte écologique local.
Les forêts et étendues boisées semblent également avoir un effet positif sur la richesse du régime alimentaire. En effet, les forêts naturelles sont très importantes pour la chasse des Chiroptères, puisque certaines espèces sont fortement inféodées à ces milieux. La disponibilité en proies y est souvent plus élevée que dans les milieux ouverts ou défrichés, ce qui peut contribuer à diversifier le régime alimentaire des Chiroptères. Les éléments boisés présentent également un intérêt fonctionnel puisque certaines espèces de chauves-souris peuvent les utiliser pour se déplacer.
Les prairies semblent influencer de manière positive la diversité du régime alimentaire des chauves-souris. Ce résultat peut s’expliquer par le fait que les prairies, en particulier lorsqu’elles sont extensives, fleuries ou peu traitées, peuvent accueillir une importante diversité d’insectes. Certaines espèces de chauves-souris exploitent particulièrement bien ces milieux ouverts ou semi-ouverts comme la Sérotine commune qui consomme un grand nombre de coléoptères, souvent présents dans ce genre de milieux.
Les haies ont une tendance à diminuer la diversité du régime alimentaire dans cette étude. Il se pourrait que les haies concentrent certaines proies abondantes, mais pas forcément une grande diversité d’insectes. La variable utilisée ne permet pas non plus de refléter la qualité des haies (leur hauteur, leur composition, leur continuité, etc.). Il reste cependant important de maintenir les haies qui forment des corridors écologiques et des zones refuges pour certains insectes.
Les parcelles agricoles semblent avoir un effet positif sur la composition du régime alimentaire. Ce résultat doit toutefois être nuancé. Certaines cultures peuvent en effet favoriser une quantité importante d’insectes qui sont cependant des populations de ravageurs dans certains cas. Les chauves-souris peuvent alors exploiter ces ressources alimentaires, en particulier dans les paysages ouverts ou semi-ouverts. Ce résultat reste surprenant et à interpréter avec précaution surtout lorsque l’on sait que l’intensification agricole peut entraîner une diminution de la biodiversité en insectes.
Les précédents résultats parlent notamment d’insectes ravageurs et nuisibles. Il faut cependant aussi mentionner le fait que les chauves-souris consomment des insectes auxiliaires aux cultures (comme les araignées) ou des pollinisateurs nocturnes (notamment les papillons). Cela souligne l’importance de ne pas réduire les proies consommées à une opposition simple entre ravageurs et auxiliaires, car certaines espèces peuvent être ravageuses au stade larvaire, et pollinisateurs au stade adulte.
Comme il a été mentionné à plusieurs reprises, certains résultats sont à prendre avec des pincettes et à interpréter avec précaution. En effet, il y a un certain manque d’échantillons, ce qui réduit la représentativité du véritable régime alimentaire des chauves-souris, et un trop petit nombre de gîtes qui ne permet pas d’obtenir des résultats paysagers complets.
Pour pallier ce problème, le projet AgroBat compte échantillonner 60 gîtes de chauves-souris dans la région des Hauts-de-France, et le projet européen TransAgroBat (projet Interreg entre la France et la Belgique) va effectuer un suivi saisonnier, ce qui permettra certainement d’avoir des résultats plus complets prochainement.
Références :
Association régionale de protection de la Nature et de l'Environnement
membre de France Nature Environnement, agréée par les ministères de l'Écologie et de l'Éducation Nationale
Picardie Nature - 233 rue Eloi Morel - 80000 AMIENS
- Tél. 03 62 72 22 50
Association loi 1901 déclarée en préfecture le 4 mars 1970 - siège social : 233 rue Eloi Morel - 80000 Amiens
Siret 381 785 120 00043 - APE 9104Z
